Dla celów VAT przekazanie nieodpłatnie swoim pracownikom pakietów usług medycznych (zwolnionych z VAT) nie jest objęte regulacją zawartą w art. 8 ust. 2 ustawy o VAT. W związku z tym, podatnik nie musi wykazywać wartości tych świadczeń w nowym JPK_VAT z deklaracją.
Dla celów podatku dochodowego jednostka (pracodawca) może zaliczyć wydatki na zakup pakietów usług medycznych dla pracowników (a także członków ich rodzin oraz partnera życiowego) do kosztu uzyskania przychodów. Według organów podatkowych tego rodzaju wydatki wykazują związek z przychodami podatnika (pracodawcy), gdyż korzystanie z usług medycznych przez pracowników ma na celu ich zmotywowanie do wydajniejszej pracy, ograniczenie absencji, pozytywnie wpływa na ich samopoczucie i stan zdrowia (por. interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 15 października 2019 r., nr 0111-KDIB1-3.4010.310.2019.3.MBD oraz z 15 czerwca 2020 r., nr 0111-KDIB2-1.4010.124.2020.1.AM).
Wykupione przez pracodawcę pakiety nieobowiązkowych świadczeń medycznych stanowią po stronie pracownika uprawnionego do ich wykorzystania nieodpłatne świadczenie w rozumieniu art. 12 ust. 1 updof. Otrzymane nieodpłatnie pakiety medyczne, do przekazania których nie zobowiązują pracodawcy przepisy prawa pracy, stanowią dla pracowników przychód ze stosunku pracy podlegający opodatkowaniu. Wartość pakietu medycznego przekazanego pracownikowi nieodpłatnie podlega również oskładkowaniu. Wartość tego przychodu określa się w wysokości ceny zakupu pakietu usług medycznych uiszczonej przez pracodawcę (por. art. 11 ust. 2a pkt 2 updof).
https://www.gofin.pl/rachunkowosc/17,1,85,260582,pakiety-medyczne-dla-pracownikow.html