Czynny podatnik VAT ma prawo odliczyć VAT do zakupu towarów/usług w zakresie, w jakim są one wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych (z zastrzeżeniami wskazanymi w art.88 ustawy o VAT). Generalnie prawo do odliczenia VAT przysługuje zaś w rozliczeniu za okres, w którym u sprzedawcy powstał obowiązek podatkowy, ale nie wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym nabywca otrzymał fakturę.

Ponadto, jeżeli podatnik nie odliczył VAT w odpowiednim terminie, może go odliczyć w jednym z dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych. Jeżeli zaś nie dotrzyma także tych terminów – wówczas może odliczyć VAT wyłącznie poprzez korektę deklaracji podatkowej za miesiąc, w którym otrzymał fakturę, jednak generalnie nie później niż w ciągu 5 lat, licząc od początku roku (a w niektórych przypadkach – licząc od końca roku), w którym powstało prawo do odliczenia VAT.

Dokumentem, na podstawie którego podatnik ma prawo do odliczenia VAT, jest zarówno faktura, jak i jej duplikat wystawiany w przypadku, gdy faktura ulegnie zniszczeniu albo zaginie. Duplikat faktury ma bowiem taką samą moc prawną, jak faktura pierwotna, gdyż dokumentuje to samo zdarzenie gospodarcze. Należy jednak podkreślić, że termin odliczenia VAT z duplikatu faktury zależy od okoliczności jego wystawienia, tj. od tego, czy nabywca otrzymał pierwotną fakturę, która następnie zaginęła lub uległa zniszczeniu, czy też w ogóle jej nie otrzymał. Jeżeli nabywca towaru/usługi dokonał odliczenia VAT z otrzymanej faktury pierwotnej, która następnie zaginęła, wówczas duplikat stanowi jedynie potwierdzenie prawa do odliczenia VAT. Natomiast jeżeli nabywca nie otrzymał pierwotnej faktury, wówczas duplikat traktowany jest jak oryginał faktury.

Odnosząc się do kwestii wskazania właściwych danych w JPK_VAT, należy kierować się wytycznymi w tym zakresie, zamieszczonymi na stronie internetowej Ministerstwa Finansów (patrz: www.mf.gov.pl; Jednolity Plik Kontrolny, Pytania i odpowiedzi). Ministerstwo Finansów uznało, że jeżeli pierwotna faktura nie trafiła do odbiorcy, to wówczas podatnik powinien w JPK_VAT ująć dane z duplikatu faktury, tj. numer faktury i datę wystawienia tego duplikatu.