Przedsiębiorca w toku prowadzonej działalności rozlicza różnego rodzaju zobowiązania podatkowe i parapodatkowe. Zasadą jest, że obciążenia podatkowe nakładane przez różne przepisy stanowią koszty podatkowe, jeżeli związane są z działalnością gospodarczą i spełniają ogólne przesłanki uznania za koszty uzyskania przychodów. Ustawodawca przewidział jednak szereg sytuacji, w których podatnik nie może zakwalifikować zapłaconych podatków do kosztów uzyskania przychodów.
Najbardziej interesująca dyskusja dotyczy możliwości zakwalifikowania w koszty uzyskania przychodów kwoty podatku VAT naliczonego, która nie została przez podatnika odliczona. Zasadą jest, że zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 46) ustawy o CIT podatek od towarów i usług nie stanowi kosztów uzyskania przychodów. Ustawodawca przewidział jednak pewne wyjątki, w których VAT może stanowić koszty uzyskania przychodów. Pierwszy przypadek dotyczy podatników VAT zwolnionych, którzy nabywają towary i usługi do świadczenia usług albo sprzedaży towarów zwolnionych z VAT. Sytuacja może dotyczyć świadczeń zwolnionych, jak i samego zwolnienia podmiotowego z VAT. W takiej sytuacji nieodliczony podatek VAT wykazany na fakturze zakupu może stanowić koszty uzyskania przychodów.
Druga sytuacja dotyczy przypadków wymienionych w ustawie o VAT, w których zgodnie z przepisami VAT podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku. Przykładem są usługi gastronomiczne lub noclegowe. W takich okolicznościach podatnik również jest uprawniony do zaliczenia nieodliczonego VAT w koszty podatkowe, chyba że naliczony podatek VAT powiększałby wartość środka trwałego lub wartości niematerialne i prawne. Inna sytuacja wystąpi natomiast, jeżeli podatnik pomimo możliwości odliczenia podatku VAT nie decyduje się na takie odliczenie. Wówczas nieodliczony VAT nie powinien stanowić kosztu uzyskania przychodu, ponieważ wynika on z decyzji przedsiębiorcy.
