W świetle obowiązujących przepisów wszyscy czynni podatnicy VAT prowadzący ewidencję, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy o VAT przy użyciu programów komputerowych zobowiązani są do przekazywania JPK_VAT.

Ponadto, stosownie do art. 193a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2018 r. poz. 800 ze zm.) przedsiębiorcy, którzy prowadzą księgi podatkowe przy użyciu programu komputerowego, muszą na żądanie organu podatkowego przekazać całość lub część ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych w postaci elektronicznego pliku o określonym formacie i strukturze. Od 1 lipca 2018 r. obowiązkiem przekazywania – na żądanie organu podatkowego – pozostałych struktur JPK (m.in. JPK_FA) zostali objęci wszyscy podatnicy, którzy prowadzą księgi podatkowe w formie elektronicznej.

Z wyjaśnienia Ministerstwa Finansów wynika, że dla obowiązku przekazywania pozostałych struktur JPK na żądanie, kluczowe jest kryterium prowadzenia ksiąg podatkowych papierowo lub elektronicznie. Zdaniem MF jeżeli podatnik prowadzi księgi podatkowe papierowo, to nie będzie musiał tworzyć JPK_FA ani innych struktur (np. obrotu magazynowego JPK_MAG) na żądanie organu podatkowego. W takich sytuacjach, jak podkreślono, podczas kontroli organy podatkowe będą żądały jedynie dokumentów papierowych.

Z dalszych wyjaśnień wynika, że:

  • w stosunku do najmniejszych podatników, którzy wystawiają kilka faktur miesięcznie, najczęściej prowadzone są czynności sprawdzające; organ podatkowy nie będzie czekał na elektroniczne zestawienie kilku faktur w formie JPK_FA, tylko poprosi o nie w takiej formie, w jakiej posiada je podatnik (np. papierowej, skanu itp.);
     
  • jeśli podatnik prowadzi księgi w formie elektronicznej oraz archiwizuje papierowe faktury w postaci skanów, to będzie musiał generować JPK_FA na żądanie organu podatkowego; jeśli takich ksiąg nie prowadzi elektronicznie – to JPK na żądanie go nie obejmie (fakturą w formie struktury logicznej nie jest ani skan, ani PDF, którego nie można edytować, ale dane, które można przetwarzać);
     
  • obowiązek przekazywania na żądanie struktury JPK_FA dotyczy wyłącznie dokumentów wystawionych po 1 lipca 2018r. , co oznacza, że podatnicy mogą spodziewać się faktycznej realizacji tego obowiązku dopiero na przełomie sierpnia i września 2018r.;
     
  • nie ma obowiązku zakupu specjalnego oprogramowania do e-fakturowania (choć można kupić oprogramowanie od producenta czy skorzystać z pomocy biura rachunkowego w tym zakresie);
     
  • alternatywą do wysłania JPK_FA (oprócz aplikacji e-mikrofirma, którą udostępnia bezpłatnie Ministerstwo Finansów) będzie możliwość zgrania pliku np. na pendrive lub płytę CD i przekazania w taki sposób danych pracownikom organu podatkowego.

Ministerstwo Finansów nadmieniło również, iż nie planuje w przyszłości zobowiązać podatników do prowadzenia ksiąg podatkowych w formie elektronicznej lub do wystawiania wyłącznie e-faktur, choć jak wskazano: “(…) w XXI wieku naturalne jest zastępowanie form papierowych dokumentami elektronicznymi. (…)”.